编队系统是游戏策略的核心，但同时也带来了多方面的挑战。编队的构建需要平衡火力、防御和控制能力，任何一方面的短板都可能导致战斗失利。玩家必须根据舰船的定位和技能进行合理搭配，例如前排需要高防御的坦克型舰船，中排侧重持续输出，后排则依赖爆发或控制型角色。这种分工明确的编队逻辑看似简单，但实际操作中往往因为舰船获取难度或技术值分配不均而难以实现理想配置。
工程舰与战斗舰的独立人口计算机制要求玩家在资源采集和战斗力量之间找到平衡。过度侧重战斗编队会导致资源短缺，而工程舰过多则可能让玩家在遭遇敌对势力时缺乏反击能力。矿车编队的效率优化也需要精细规划，包括路线选择、设备升级和时间管理，这些因素共同决定了资源采集的可持续性。
舰船站位和攻击序列的不可控性增加了编队的战术复杂度。虽然玩家可以调整编队成员，但每艘舰船的前中后排位置由其蓝图定位固定，无法手动调整。敌方会根据武器系统的攻击序列优先攻击前排，这意味着防御型舰船若未合理部署，可能导致中后排核心输出过早暴露在火力下。这种机制要求玩家在蓝图研究和舰船选择阶段就提前规划站位策略。
随着游戏进程推进，玩家需要面对不同强度的敌对舰队和多样化的战场环境。例如在小行星带作战需强化护盾系统，开阔星域则依赖长程打击能力。这种环境差异迫使玩家不断调整编队配置，但指挥值限制和舰船培养成本使得快速转型变得困难。如何在有限资源下构建具备泛用性的编队，成为考验玩家战略眼光的关键。
由于缺乏实时战斗回放功能，玩家难以精准分析编队失败的具体原因，例如是火力不足、治疗短缺还是控制失效。这种信息盲区使得优化编队的过程依赖经验积累而非数据支撑，无形中拉长了学习曲线。敌方编队的隐蔽性（如故意使用误导性舰队名称）进一步增加了预判和应对的难度。
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